基元中學隸屬於中華基督教會香港區會，所以校徽的設計和其他區會中學大同小異。
校徽呈盾狀，設計看似簡單，但卻充滿濃厚的宗教意義。
校徽分為四格，每格分別有不同的圖案，而每一格，則代表不同的意思。
左上角的一格，是一本翻開的聖經，上面用希臘文寫有「耶穌就是基督」（Jesus is the Christ），是基督教的信條。
右上角的一格，是一個十字架圖樣，這種四端有些像火燄形狀的十字架，叫做「聶思脫利十字架」(Nestorian Cross)，是基督教徒在東方的象徵。
右下角則用三個英文大草Ｃ的重疊圖案，代表中華基督教會香港區會（The Church of Christ in China）的縮寫。
左下角，是以傳統中國的圖章印式印上「基元」兩字。盾牌下的長帶則寫上學校的英文名稱。
